Zgodnie z art. 112 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2022 r., poz. 916 z późn. zm.), w ramach Państwowego Monitoringu Środowiska prowadzi się monitoring przyrodniczy róznorodności biologicznej i krajobrazowej. Monitoring przyrodniczy polega na obserwacji i ocenie stanu oraz zachodzących zmian w składnikach różnorodności biologicznej i krajobrazowej, w tym typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, ze szczególnym uwzględnieniem typów siedlisk przyrodniczych i gatunków o znaczeniu priorytetowym, a także na ocenie skuteczności stosowanych metod ochrony przyrody. 

W nieco innym celu prowadzony jest monitoring przyrodniczy w procesach inwestycyjnych, choć jego założenia metodyczne mogą być zbieżne. Monitoring przyrodniczy może obejmować konkretny obszar (np. obszar inwestycji, obszar chroniony, korytarz ekologiczny) czy obiekt (np. budynek, zbiornik wodny, przejście dla zwierząt). Głównym celem monitoringu przyrodniczego jest regularna obserwacja wybranych elementów przyrodniczych (grupy taksonomicznej a nawet pojedynczych gatunków) w celu uzyskania informacji o zmianach tych elementów w czasie.

Może mieć on miejsce na etapie prowadzenia oceny odziaływania na środowisko (tzw. monitoring przedrealizyjny) lub po wydaniu decyzji środowiskowej, kiedy konieczne jest zbadanie skutków realizacji zamierzenia inwestycyjnego (tzw. monitoring porealizacyjny). Choć z monitoringiem przed- i porealizacyjnym mamy najczęściej dopczeynienia przy inwestycjach drogowych, fotowoltaicznych i wiatrowych, w zależności od wymagań RDOŚ może on pojawić się przy każdym typie inwestycji.